En cas de maladie attestée par un certificat médical le mettant dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions, le fonctionnaire (stagiaire ou titulaire) a droit à des congés de maladie dits congé de maladie "ordinaire".

Ouverture du droit à congé :

Pour obtenir un congé de maladie ordinaire ou son renouvellement, le fonctionnaire doit adresser à son administration un avis d'arrêt de travail établi par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme.

Cet arrêt doit être transmis dans les 48 heures à compter de la date d’établissement de l’arrêt de travail. L'intéressé doit adresser à son administration les volets n° 2 et 3 et conserver le volet n° 1 comportant des données médicales confidentielles (Circulaire du 20 avril 2015  relative au délai de transmission des arrêts de maladie des fonctionnaires dans la fonction publique de l’État).

Ce volet n° 1 doit être présenté au médecin agréé de l'administration, en cas de contre-visite ou de tout autre examen médical.

Durée du congé

La durée totale des congés de maladie ordinaire peut atteindre 1 an, pendant une période de 12 mois consécutifs (année médicale).

L'année médicale est mobile et s'apprécie de date à date. Tous les jours calendaires sont pris en compte.

Lorsqu'un fonctionnaire a bénéficié de 6 mois consécutifs de congé de maladie et se trouve, à l'issue de cette période, dans l'incapacité de reprendre ses fonctions, la demande de prolongation de son congé est soumise à l'avis du comité médical.

Rémunération

Le fonctionnaire conserve l’intégralité de son traitement, primes et indemnités comprises, pendant une période maximale de 89 jours, ce traitement étant réduit de moitié pendant la période suivante, d’une durée maximale de 270 jours. Si au cours de cette même période deux jours de délai de carence ont été appliqués, le passage à demi-traitement s’opérera après 88 jours.

L’article 115 de la loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017 de finances pour 2018 a réintroduit un jour de carence pour le versement de la rémunération au titre du congé de maladie des agents publics civils et militaires.

Contrôle des arrêts maladie

Le décret n°2014-1133 du 03 octobre 2014 relatif au contrôle des arrêts de maladie des fonctionnaires précise que le fonctionnaire doit transmettre à son administration, un avis d’arrêt de travail dans le délai de 48 heures à compter de la date d’établissement de l’arrêt de travail. En cas de manquement à cette obligation, le décret indique que l’administration informe l’agent de la réduction de la rémunération à laquelle il s’expose en cas de nouvel envoi tardif dans une période de 24 mois à compter de la date de prescription du premier arrêt de travail envoyé tardivement. Si dans cette période, l’agent transmet de nouveau tardivement un avis d’arrêt de travail, l’administration est fondée à réduire de moitié sa rémunération entre la date de prescription de l’arrêt et la date effective d’envoi de l’avis d’arrêt de travail.

La mesure de réduction de moitié de la rémunération n’est pas applicable si le fonctionnaire est hospitalisé ou s’il justifie, dans le délai de huit jours, de son incapacité à transmettre l’avis d’arrêt de travail dans le délai imparti.

Contrôle pendant le congé

L'administration employeur peut faire procéder à tout moment à une contre-visite du fonctionnaire par un médecin agréé.

L'intéressé doit s'y soumettre, sous peine d'interruption du versement de sa rémunération.

Si le médecin agréé conclut à l'aptitude à la reprise des fonctions, l'employeur a la possibilité d'enjoindre le fonctionnaire de reprendre son travail.

Les conclusions du médecin agréé peuvent être contestées par l'agent ou l'administration devant le comité médical compétent.

Effets des congés de maladie sur la situation du fonctionnaire

Avancement et retraite

Le temps passé en congé de maladie, à plein ou demi-traitement, est pris en compte pour l'avancement.

Il compte également pour la détermination du droit à la retraite et donne lieu à cotisations.

Stage

Les fonctionnaires stagiaires qui ont bénéficié, au cours de leur stage, de congés de maladie d'une durée totale supérieure au 10ème de la durée normale de stage à laquelle ils sont astreint (soit 36 jours pour un stage d'un an), voient la durée de leur stage prolongée et la date de leur titularisation reportée, d'autant de jours de maladie intervenus au-delà du 10ème de la durée normale de stage.

Par exemple, un fonctionnaire nommé stagiaire le 1er janvier de l'année N pour une durée d'un an et ayant bénéficié de congés de maladie d'une durée totale de 53 jours, verra son stage prolongé et sa date de titularisation reportée de 17 jours (53 - 36), soit jusqu'au 17 janvier de l'année N + 1.

Fin du congé

A l'issue de son congé de maladie (ou de son renouvellement), le fonctionnaire réintègre son emploi.

Lorsque l'intéressé a obtenu pendant une période de 12 mois consécutifs des congés de maladie d'une durée totale de 12 mois, sa reprise de fonctions est soumise à l'avis favorable du comité médical.

En cas d'avis défavorable, il est soit :

- mis en disponibilité d'office,
- reclassé dans un autre emploi,
- reconnu définitivement inapte à l'exercice de tout emploi et admis à la retraite pour invalidité après avis de la commission de réforme ou licencié, s'il n'a pas droit à pension.

Le fonctionnaire qui, à l'expiration de son congé de maladie, refuse sans motif valable lié à son état de santé, le ou les postes qui lui sont proposés, peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire (CAP).